Enviando muitos arquivos de uma vez para o FTP

1º - Compacte a pasta com os arquivos em .zip, .tar.gz. tar(.rar não funciona)
2º - Envie o arquivo.zip para a pasta /public_html de seu FTP;
3º - Entre em seu cPanel, clique em "Gerenciador de Arquivos", navegue até a pasta onde está seu arquivo.zip;
4º - Agora clique no arquivo.zip. Ao lado direito da tela, aparecem algumas opções do arquivo, dentre elas, clique em"Extract File Contents" ou em português "Extrair Conteúdo dos Arquivos".

Pronto! Sua pasta estará deszipada e com todos os arquivos certos...agora dê uma ajeitada, pois poderá estar assim:
/public_html/arquivo/arquivo e o correto é
/public_html/arquivo, apenas mova, dependendo de como esteja